一、背景与仪器概述（约 250 字）

Thermo Scientific Applied Biosystems 3500 系列 Sanger 测序/片段分析仪采用毛细管电泳技术，支持 8 通道（3500）或 24 通道（3500xL），兼具测序与片段分析功能。高度自动化设计，从样品加载、仪器校准、运行维护到数据采集均实现智能化控制。平台支持多种模块如基因测序、STR 分型、微卫星分析、LOH 及 SNP 验证，具备易安装耗材、RFID 追踪、自动数据导出等功能，为遗传研究和法医生物识别提供高通量稳定方案。

二、样品类型与前处理（约 250 字）

3500 系列支持广泛样本类型输入，包括：

• 基因组 DNA：5–50 ng 推荐输入量；

• cDNA 或质粒 DNA：建议 1–20 ng，用于克隆或表达分析；

• PCR 扩增产物：结合荧光标记引物（如 FAM/VIC/NED/PET）定量浓度；

• STR 或法医鉴定样本：结合 Identifiler、GlobalFiler 等试剂盒；

• 片段分析产物：应用于 microsatellite、LOH、AFLP、MLPA 分析。

所有样本须经过定量（如 Qubit/PicoGreen），清除抑制物（蛋白质、盐残留），保持浓度在建议范围内。PCR 产物需进行酶切或纯化，确保峰形清晰、信噪比佳。

三、样本板布局（约 200 字）

上机使用预制 96 孔板或小型片段分析片架。建议统一样本排列、设置阴阳性对照。板布局支持通过 Data Collection 软件导入预设模板，实现自动识别并追踪样品信息。填装样本后需贴上条形码或 RFID 标签，与虚拟样本库对应。

四、加载样品—上机流程（约 200 字）

1. 插入板架：轻推到位；

2. 加注模板和缓冲液（含染料泊泊和缓冲液包）；

3. 盖好板盖，保持清洁；

4. 关闭运行舱门；

5. 软件提示确认板号、样本信息。

五、毛细管阵列与管径设置（约 200 字）

系统 8 或 24 通道毛细管阵列预装 POP-4 聚合物，支持 36 cm 或 50 cm 长。阵列带 RFID 标签记录使用次数（推荐 ≤160 注射次数），每孔注射体积 ≤1.2 μL。更换阵列需重新校准。

六、运行参数与方法输入（约 250 字）

在 Data Collection 软件设置：

• 注射电压/时间：如 1.6 kV，5–15 秒；

• 分离电压：一般设 15 kV；

• Oven 温度：设定 60 °C 提升峰形稳定；

• 运行时间：35–60 分钟，根据片段长度／分辨率；

• 染色方案：选择 4–6～染料组别，如 G5-OSR/J6-OSR；

• OSR 特殊设定：打开 off‑scale recovery（信号饱和可扩展到 65K RFU）提高高浓DNA 检测率。

七、试剂与缓冲液加注（约 200 字）

需要使用：

• 阴阳极缓冲液：由缓冲剂盒提供；

• POP-4 聚合物：随机补充以维持填充量；

• Condition Reagent：用于阵列预处理；

• 氢氧化去离子水：用于冲洗和复填。

注入时务必避免气泡，清理边缘滴液，定期更换以维持电泳效率。

八、校准与仪器启动（约 250 字）

• 空间／光谱校准：按安装 SOP 自动运行；

• 检查 CCD 激光系统、荧光稳定性、基线干扰；

• 软件自动检查耗材 RFID、缓冲容量、电力状态；

• QC 通过后，点击“Start Run”启动运行。

九、QC 标准与监控（约 200 字）

运行中实时监控：

• 注射电流（uA）和电压波动；

• 温度曲线；

• 荧光强度（RFU）；

• E‑PT 曲线：判断运行稳定性；

• 异常报警：信号偏低、高电阻、缓冲量不足等即时提示。

十、常见问题处理（约 200 字）

• 低信号强度：检查 DNA 浓度／PCR 产物纯度；

• 注射失败：更换毛细管阵列，检查漏液或堵塞；

• 分辨率下降：清理胶体，重新校准；

• 高背景噪声：更换缓冲液，确认环保装置排风；

• 数据偏差：核查系统校准历史、软件升级状态。

十一、数据采集与记录（约 200 字）

运行完成后软件自动生成 .ab1 或 .hid 文件。可选择上传 Thermo Fisher Connect 平台，实现远程监控、邮件通知、云存储跟踪。支持 21 CFR Part 11 自动审计、用户权限控制、E‑Signature。

十二、样品通量与时间管理（约 200 字）

• 3500：约 96 注射/天 ×8 通道；

• 3500xL：24 通道，提升3倍通量；

• 操作时间包括：30 min 准备 + 60 min 运行 + 10 min 后处理 ≈100 min/批；

• 一天可提升至 10 批以上，约数百样本输出。

十三、清洁维护建议（约 200 字）

• 每次运行后冲洗阵列、涂润滑剂；

• 每周更换 POP-4 聚合物、缓冲溶液；

• 每月执行空间/光谱校准；

• 每季度更换注射器、屏蔽垫圈；

• 定期检查电极、激光器稳定性；

• 仪器舱保持干净、干燥，防尘，避免潮气腐蚀。

十四、操作标准化（约 150 字）

• 制定 SOP，培训操作员；

• 样品编号严格统一；

• 实验日志记录，包括试剂批号、耗材周期、运行异常；

• 链接 LIMS 系统，电子数据审计与文件归档。

十五、总结（约 200 字）

3500/3500xL 系统通过以下优势实现高效样品输入与数据产出：

• 支持广泛样本类型，满足基因组、片段分析等需求；

• 自动化流程—从上样至数据采集全链条集成；

• 灵活方法设置—注射、电压、温度、染料组合可调；

• 高通量与高分辨率并重；

• QC 与校准机制完善，确保实验可靠性；

• 远程监控与审计功能，适合规范实验室管理。

通过规范操作、及时维护及数据管理，系统可持续实现高质量输出，适用于科研、法医、临检等多种实验应用。