一、仪器核心组成与功能模块

赛默飞3500系列分析仪根据通道数量分为3500（8通道）与3500xL（24通道）两种常用型号。无论哪一型号，其主要核心模块包括以下几部分：

1. 毛细管阵列（Capillary Array）

• 用于DNA片段的分离；

• 材质为石英毛细管，标准长度36cm；

• 通道数量决定一次可并行检测的样本数量。

2. 光学检测系统

• 采用多色激光激发，能同时检测多种荧光标记；

• 具备高度灵敏的CCD检测器；

• 支持多种荧光染料组合，如DS-30、DS-33、G5等。

3. 聚合物供给系统

• 通过自动泵送方式将高分子聚合物注入毛细管；

• 常用聚合物类型包括POP-4、POP-6与POP-7；

• 可自动监测聚合物余量，提示更换。

4. 自动化进样系统

• 配备样本盘与反应板模块；

• 支持384孔微孔板或96孔PCR板；

• 自动控制进样电压与进样时间。

5. 温控与电源模块

• 毛细管电泳区具有恒温系统，常设60°C；

• 高压电泳电源输出稳定，确保片段分离清晰。

二、样本准备流程与试剂配置

1. DNA提取与质检

• 样本DNA需纯度高（A260/A280 ≈1.8）；

• 浓度范围通常控制在10-50 ng/μL；

• 可采用磁珠法、柱提法或酚氯仿法进行提取。

2. PCR扩增反应体系配置（以10μL体系为例）

3. PCR反应条件（示例）

• 预变性：95°C，5分钟；

• 变性：95°C，30秒；

• 退火：55~60°C，30秒；

• 延伸：72°C，45秒；

• 循环：30~35次；

• 终末延伸：72°C，5分钟；

• 4°C保存待用。

三、上样准备与电泳运行参数

1. 样品上样混合物配置

每个上样孔中需加入：

混合后充分离心，在95°C加热2分钟，迅速冰浴处理，确保样品变性状态一致。

2. 电泳运行参数配置（G5染料体系下）

• 毛细管长度：36cm；

• 聚合物类型：POP-7；

• 电泳缓冲液：1× Genetic Analyzer Buffer with EDTA；

• 进样电压：1.2 kV；

• 进样时间：15秒；

• 电泳电压：13.0 kV；

• 分离时间：1550秒；

• 毛细管温度：60°C；

• 样品板温度：4°C。

四、常用耗材与标准品配置

1. 耗材一览

2. 保存与使用建议

• 聚合物需4°C保存，避免反复冻融；

• ROX标准应避光、冷冻存储；

• Formamide每次开封应尽快使用，避免氧化降解；

• 使用过的毛细管阵列如出现信号衰减应及时更换。

五、软件配置与数据分析支持

1. 运行控制软件：3500 Series Data Collection Software

• 用于仪器控制、运行方案编辑与样品管理；

• 可设定进样方式、样本顺序、电泳时间等；

• 提供运行监控界面，实时显示状态信息。

2. 数据分析平台：GeneMapper™ 或 GeneMarker™

• 自动峰识别、大小标准校准；

• 可设置分析模板，快速进行STR或SNP分析；

• 输出图谱清晰、峰形整齐，具备高精度分辨率。

3. 数据管理与导出

• 支持导出.fsa格式原始数据；

• 可连接LIMS系统实现自动记录；

• 兼容第三方法医或突变检测软件处理。

六、环境配置与仪器维护建议

1. 实验室环境要求

• 室温控制在18~25°C；

• 相对湿度不超过60%，防止聚合物变质；

• 配备UPS不间断电源，防止实验中断。

2. 日常维护要点

七、安全操作规范与问题排查

1. 操作安全注意

• 避免在运行时打开前舱门；

• 聚合物与Formamide属有机溶剂，应佩戴手套操作；

• 禁止操作时食用、饮水或用嘴吹液体；

• 使用后及时密封所有耗材，避免污染和降解。

2. 常见问题排查表

八、配置优化建议与实验标准化

为了获得更高一致性与可重复性，推荐如下实验配置优化措施：

• 采用统一批次试剂、耗材，减少批间差异；

• 设置标准对照样本或阳性模板，便于判断系统性能；

• 所有实验流程操作人员应接受统一培训；

• 对每轮实验运行结果进行记录归档，便于追溯分析；

• 若开展多重PCR或STR检测，建议根据峰强、片段长度优化引物浓度比例。

结语

赛默飞3500基因分析仪是一套高度自动化、性能成熟的电泳系统，但其运行效果极大依赖于实验配置的精准与操作的规范。通过合理选择聚合物、电泳参数、上样比例及配套软件，结合日常维护与科学管理，可以大幅提升实验通量与结果可信度。希望本文能为广大用户在配置设备与开展实验过程中提供切实可行的参考。